【전 문】

【원 고】대상주식회사 (소송대리인 변호사 정병문)

【피 고】동대문세무서장

2010. 5. 13.

【주 문】

1. 피고가 원고에 대하여 한 2006. 9. 1.자 2003사업연도 법인세 8,326,760,717원의 부과처분 중 8,202,808,553원을 초과하는 부분, 2004사업연도 법인세 21,585,242,551원의 부과처분 중 21,271,337,295원을 초과하는 부분 및 2007. 7. 6.자 2002사업연도 법인세 10,536,394,743원의 부과처분 중 10,490,710,362원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 주위적 청구와 예비적 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

1. 주위적 청구취지

가. 피고가 원고에 대하여 한 2006. 9. 1.자 2000사업연도 법인세 8,270,322,914원(8,270,322,916원은 8,270,322,914원의 오기로 보인다)의 부과처분 중 449,928,613원을 초과하는 부분, 2003사업연도 법인세 8,326,760,717원의 부과처분 중 6,118,733,668원을 초과하는 부분, 2004사업연도 법인세 21,585,242,551원의 부과처분 중 19,711,095,593원을 초과하는 부분 및 2007. 7. 6.자 2002사업연도 법인세 10,536,394,743원의 부과처분 중 4,012,167,695원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 피고가 2006. 12. 9. 원고에 대하여 한 2001사업연도 법인세의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

2. 예비적 청구취지

피고가 2006. 12. 9. 원고에 대하여 한 2000, 2002사업연도 법인세의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

【이 유】

1. 기초사실

가. 원고는 ‘조미료 및 식품첨가물 제조업’을 주된 영업으로 하고 있는 법인인바, ① 2000사업연도 법인세 과세표준을 24,146,460,444원, 세액을 8,270,322,914원으로, ② 2001사업연도 법인세 과세표준을 55,916,421,476원, 세액을 17,743,362,094원으로, ③ 2002사업연도 법인세 과세표준을 28,714,500,228원, 세액을 5,705,442,736원으로, ④ 2003사업연도 법인세 과세표준을 42,765,944,619원, 세액을 7,670,753,911원으로, ⑤ 2004사업연도 법인세 과세표준을 28,924,328,881원, 세액을 5,031,231,226원으로 각 신고하고 위 각 세액을 납부하였다.

나. 서울지방국세청장은 2006. 1.경 원고에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 후, ① 미원건설 주식회사(1997. 10. 27. 대상건설주식회사로 명칭이 변경되었다가 1998. 10. 1. 원고에게 합병되었다, 이하 ‘원고’라 한다)가 럭스개발주식회사(이하 ‘럭스개발’이라 한다)에게 사업추진비 등의 명목으로 1995. 6.경부터 매년 수백억 원씩(매연도말 잔액기준 2000년 54,114,000,000원, 2001년 65,456,000,000원, 2002년 51,644,000,000원, 2003년 45,881,000,000원, 2004년 36,844,000,000원)의 자금을 이자 연 15%로 정하여 대여(이하 ‘이 사건 대여금’이라 한다)하였으나 실제 이자를 지급받지 아니한 사실, ② 원고가 경영부진으로 2000년과 2001년에 결손이 발생하자 2000년에 24,287,054,650원, 2001년에 60,771,969,725원의 매출액(이하 ‘이 사건 과다계상 매출액’이라 한다)을 과다계상한 사실, ③ 원고가 2001. 7. 19. 설립한 대상제일차유동화전문유한회사(이하 ‘이 사건 유동화전문회사’라고 한다)가 2002년 이후 매년 이익초과분에 대하여 배당결의(2002년 1,395,493,300원, 2003년 945,493,300원, 2004년 95,493,300원, 이하 ‘이 사건 배당금’이라 한다)를 하였으나, 원고가 이를 배당결의일에 수령하지 않고 미수배당금으로 계상하여 청산시 이를 수령한 사실을 확인하여 피고에게 과세자료로 통보하였다.

다. 이에 피고는, ① 원고가 법인세법상의 특수관계자인 럭스개발에게 이 사건 대여금을 사실상 무상으로 대여한 것으로 보아 아래 표의 ‘럭스개발 지급이자’란 기재와 같이 관련 지급이자를 손금불산입하고, 같은 표의 ‘럭스개발 인정이자’란 기재와 같은 인정이자를 익금산입하였으며, ② 원고가 이 사건 과다계상 매출액의 수정을 위하여 2002 ~ 2004사업연도에 손금을 가공계상한 부분에 대하여 이를 손금불산입하였고(2005사업연도 부분은 원고가 법인세 신고시 이를 정정하였다), ③ 이 사건 유동화전문회사로부터 이 사건 배당금을 수령하지 않은 것을 무상의 자금대여로 보고 아래 표의 ‘자산유동화 지급이자’란 기재와 같이 관련 지급이자를 손금불산입하고, 같은 표의 ‘자산유동화 인정이자’란 기재와 같이 인정이자를 익금산입하는 등의 조치를 취하였다.

라. 이에 따라 피고는, ① 2006. 3. 10. 2000사업연도 법인세 9,977,048,830원(고지액은 원 이하 버림, 이하 같다)을 증액하고, ② 2006. 9. 1. 2000사업연도 법인세 192,326,650원(과세표준은 그대로 둔 채 총결정세액을 증액한 차액)을, 2003사업연도 법인세 1,130,831,290원을, 2004사업연도 법인세 17,173,300,260원을 각 증액하고, 2001사업연도 법인세는 손금과소산입으로 4,786,367,510원을 감액하여 환급하기로 하였으며, ③ 2006. 9. 13. 2002사업연도 법인세 16,666,355,770원을 증액(이후 2006. 10. 3. 법인세 9,961,046원을 증액하고, 2007. 7. 6. 법인세 17,110,277원을 추가로 증액하였다)하였다.

마. 이에 원고는, 피고가 2002 ~ 2004사업연도 법인세에 대하여 이 사건 과다계상 매출액과 관련하여 가공계산한 손금을 손금불산입한 이상 그에 대응하여 2000, 2001사업연도에 과다계상된 매출액도 익금불산입되어야 하고, 이는 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정사유에 해당한다는 이유로 2000 ~ 2002사업연도의 소득금액과 이월결손금을 재계산하여 2000 ~ 2002사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 2006. 12. 9. 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다).

바. 원고는 위 각 과세처분 및 경정거부처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 하였는바, 국세심판원은 2008. 1. 30. ① 이 사건 과다계상 매출액은 익금에 산입하지 않는 것으로 하고, ② 2000사업연도 이후의 소득금액과 이월결손금을 재계산하고 이에 따라 각 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하되, 위 가공매출액과 관련하여 환급할 세액은 국세기본법 제22조의2 규정 취지에 따라 처분청이 증액경정하여 고지한 세액의 범위 내로 한정하는 범위에서 피고의 원고에 대한 법인세 부과처분에 대한 심판청구를 인용하고, 나머지 청구는 기각하며, 이 사건 경정거부처분에 대한 심판청구는 각하하는 결정을 하였다.

사. 이에 피고는 2008. 3. 7. 아래 표 ‘심판청구 취소세액’란 기재 각 금액과 같이 2000, 2002, 2003, 2004 사업연도 법인세를 감액경정하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1 내지 12호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주위적 청구에 대한 판단

가. 원고의 주장

1) 럭스개발에 대한 대여금 관련 부분

가) 원고는 럭스개발이 추진하는 사업 중, ① 서울 중랑구 상봉동에 있는 한남프라자(이하 ‘상봉동 한남프라자’라 한다)와 관련하여 럭스개발과 사이에 리모델링 공사도급계약을 체결하고 사업부지 매입비, 기타 사업 추진 및 시행에 필요한 경비 등의 명목으로 100억 원을 한도로 대여하였는바, 이는 럭스개발이 원고를 대신하여 상가 및 토지 등을 매입하도록 한 것이고, ② 서울 도봉구 방학동에 있는 TWIN빌딩(이하 ‘방학동 TWIN빌딩’이라 한다) 공사와 관련하여 럭스개발과 사이에 방학동역 인근에 판매시설 및 오피스텔을 신축 분양하기로 하는 내용의 계약을 체결하고 사업부지 매입비, 기타 사업 추진 및 시행에 필요한 경비 등의 명목으로 70억 원을 한도로 하여 대여하였는바, 이는 원고가 위 공사의 시공사로 참여하기 위하여 대여한 것이므로, 모두 럭스개발이 시행하는 사업의 성공적인 수행을 통하여 원고의 공사수익을 창출하기 위한 것으로서 원고의 업무와 직접 관련된 대여금임에도 피고가 이 사건 대여금을 원고의 업무와 직접 관련 없이 대여한 것으로 보고 손금불산입한 것은 위법하다.

나) 원고의 럭스개발에 대한 대여금은 건설회사가 시행사에게 대여한 것이고, 통상적으로 건설회사가 시행사와 공사도급계약을 하는 경우 그 공사대금과 대여금 원리금은 분양대금에서 받기로 약정하는 것이 보통이어서, 원고도 럭스개발에 자금을 대여하면서 분양대금을 ① 분양수수료, ② 대여금 ③ 대여금이자 ④ 공사비 ⑤사업경비 순서로 충당키로 약정한 것인데, 원고는 럭스개발로부터 위 약정에 따라 지급받은 돈을 우선 이자가 아닌 대여원금에 충당하였고, 럭스개발이 원고에게 대여원금 이상을 변제할 자력이 없어 대여금 이자를 수령하지 못한 것이므로, 럭스개발에 대한 대여금은 이자소득의 귀속시기가 도래하지 않았다고 할 것이고, 따라서 인정이자 계산 대상에 해당되지 않음에도 피고가 이를 인정이자로 익금산입한 것은 위법하다.

2) 이 사건 과다계상 매출액 관련 부분

피고는 국세기본법(2005. 1. 5. 법률 제7329호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 제1항에 따라 당초 신고납부한 세액에 관하여 경정청구기간 내에 경정청구를 하지 않아 세액이 형식적으로 확정된 경우 그 확정된 세액에 대하여는 이후 증액경정처분이 있더라도 심판청구 등 불복절차에 따라 취소할 수 없다는 전제하에 과세처분하였으나, 위 규정은 종래 흡수설에 따라 증액경정처분의 경우 당초처분의 효력을 부인하게 되면, 당초처분으로 인하여 다른 이해관계인과의 사이에 별개의 법률효과가 이미 발생한 경우 또는 이미 확정된 당초처분에 근거하여 이루어진 체납처분의 효력, 가산세 부과 등과 관련하여 불합리한 결과에 이르게 되어 이를 방지하기 위하여 신설된 것이므로, 위 규정의 신설과 관계없이 당초처분과 증액경정처분은 하나의 추상적 납세의무를 확정하기 위한 일련의 과세절차라는 점에서 당초처분은 증액경정처분에 흡수된다고 해석함이 상당하고, 따라서 이 사건 과다계상 매출액의 익금불산입으로 인하여 취소되는 2000사업연도 법인세의 범위는 증액경정된 범위로 한정될 것이 아니라 원고가 당초 신고 납부한 부분을 포함하여 취소되어야 한다.

3) 이 사건 경정거부처분 부분

피고는 원고의 2002 ~ 2004 사업연도에 가공계상된 경비를 손금불산입하여 2002 ~ 2004사업연도의 과세표준 및 세액을 결정 내지 경정하였는데, 위와 같이 2002 ~ 2004 사업연도 가공계산된 경비를 손금불산입한 부분은 원고가 2000, 2001 사업연도의 가공매출액 부분과 직접적이고 유기적으로 대응되는 것이므로, 2000, 2001 사업연도의 가공매출액 부분은 국세기본법 제45조의2 제1항 제4호에서 규정한 ‘결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때’에 해당한다고 할 것이고, 따라서 이에 관한 후발적 경정청구가 허용되어야 하므로 이를 거부한 피고의 이 사건 경정거부처분은 위법하다.

4) 이 사건 유동화전문회사의 배당금 관련 부분

이 사건 유동화전문회사의 배당결의가 있음에도 불구하고 원고가 이 사건 배당금을 수령하지 못한 것은 유동화전문회사의 정관 및 거래관행에 따라 유동화증권이 전액 상환될 때까지 배당금을 지급받을 수 없었기 때문이므로, 원고가 배당금을 지급받지 않는 것은 정당한 사유 및 경제적 합리성이 있음에도 실제 배당금을 지급받지 않았다는 이유로 피고가 이 사건 배당금과 관련한 지급이자를 손금불산입하고, 인정이자를 익금산입한 것은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 럭스개발에 대한 대여금 관련 부분

가) 인정사실

앞서 든 각 증거들, 갑 제5, 8, 16, 17호증, 을 제14호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

① 상봉동 한남 프라자 관련 부분

㉮ 상봉동 한남프라자는 원고가 건축주인 상봉중앙유통과 공사도급계약을 체결하고 1994. 8. 26. 이미 준공하였던 건물이다.

㉯ 원고는 법인세법상 특수관계인 지위에 있는 럭스개발과 사이에 1996. 7. 13.자 상봉동 한남프라자 공사도급계약서를 작성하였는데, 그 내용에는 원고가 럭스개발이 발주한 상봉동 한남프라자 공사에 시공사로 참여하되, 럭스개발에게 사업부지 매입비와 사업의 추진과 시행에 필요한 제경비 명목으로 100억 원을 한도로 하여 연 15%의 이자로 대여하기로 하되, 원고와 럭스개발 공동명의의 통장으로 수납한 분양대금은 원고의 분양수수료, 럭스개발의 대여금 상환, 대여금의 이자, 공사비, 원고의 사업경비 지급 순위에 따라 인출 사용하기로 한다는 내용이 포함되어 있다.

㉰ 그런데, 원고가 위 공사도급계약에 의하여 실제 리모델링 등의 공사를 한 바는 없다.

㉱ 럭스개발은 1996 ~ 1997년 사이에 원고로부터 차입한 자금으로 상봉동 한남프라자 상가 중 41세대를 자신의 명의로 매입하여 그 소유권이전등기를 마쳤다가 이후 2005년경 사이에 원고에게 그 소유권을 양도하였다.

㉲ 원고는 2005. 10.경 상봉동 한남프라자의 일부를 내부수리하고 원고의 전분당영업본부를 입주시켰다.

② 방학동 TWIN빌딩 공사 관련 부분

㉮ 원고는 럭스개발과 사이에 1996. 5. 16.자 방학동 TWIN빌딩 공사도급계약서를 작성하였는데, 그 내용은 원고가 럭스개발이 발주한 방학동 TWIN빌딩 공사에 시공사로 참여하되, 럭스개발에게 사업부지 매입비와 사업의 추진과 시행에 필요한 제경비 명목으로 70억 원을 한도로 하여 연 15%의 이자로 대여하기로 하고, 원고와 럭스개발 공동명의의 통장으로 수납한 분양대금은 원고의 분양수수료, 럭스개발의 대여금 상환, 대여금의 이자, 공사비, 원고의 사업경비 지급 순위에 따라 인출 사용하기로 한다는 내용이 포함되어 있다.

㉯ 럭스개발은 1996 ~ 1997년 사이에 원고로부터 차입한 자금으로 방학동 TWIN빌딩 공사와 관련하여 서울 도봉구 방학동 (지번 생략)외 5필지의 부동산을 매입하여 럭스개발 명의로 소유권이전등기를 마쳤다가 이후 그 매각대금으로 위 차입금의 일부를 상환하였다.

㉰ 방학동 TWIN빌딩 공사는 실제로 시행되지 아니하였다.

③ 원고가 1995년 이후 럭스개발에게 상봉동 한남프라자 및 방학동 TWIN빌딩 공사와 관련하여 돈을 대여하고 회수한 내역은 아래표와 같다.

나) 판단

먼저, 럭스개발 관련 지급이자 손금불산입에 관하여 원고가 럭스개발에게 대여한 자금이 직접 원고의 업무와 관련이 있는지 여부에 대하여 본다.

원고는 이에 대하여 갑 제5호증의 2, 3(각 공사도급계약서), 제9(사업계획서), 10(건축허가신청서 및 허가서), 14호증(한남프라자사업계획서)의 각 기재 및 증인 이윤호의 증언을 들고 있으나, 위 인정사실 및 이러한 사실관계에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 상봉동 한남프라자 관련 부분에 대하여는, 공사도급계약서(갑 제5호증의 2)가 일부 리모델링이 아닌 신축계약서이고, 위 건물은 완공한지 2년이 채 경과되지 아니하였고, 이를 재건축할 필요가 있었다고 볼만한 자료도 없는 점, 그 후 럭스개발이 위와 같은 공사를 위한 절차를 밟았다거나 실제 그러한 공사가 진행되었다고 볼 만한 자료도 없는 점, 원고는 그 대여금의 원리금이 전혀 회수되고 있지 않는 상황에서도 지속적으로 자금을 대여하여 주었으며, 럭스개발은 자신의 명의로 상가 및 토지들을 매입한 점 등, ② 방학동 TWIN빌딩 공사 관련 부분에 대하여는, 원고는 방학동 TWIN빌딩 공사사업계획을 수립한 후 그에 따라 1997. 7. 6. 건축허가(갑 제10호증)를 받았다고 주장하나 위 허가서의 내용은 612㎡의 토지 위에 연면적 192.5㎡의 단층건물(근린생활시설)을 짓는다는 것으로 원고의 사업계획상의 건물(3,024.8㎡ 지상에 연면적 26,925.55㎡의 지하 2층, 지상 15층 건물을 2000년 중 허가받아서 건축한다는 계획임)과는 전혀 관련이 없어 보여 사업계획서(갑 제9호증)를 그대로 믿기 어려운 점, 럭스개발이 매입한 서울 도봉구 방학동 (지번 생략) 토지는 방학동 TWIN빌딩 공사와 관련이 없는 토지로 보이는 점, 럭스개발이 자신의 명의로 토지들을 매입하였다가 이를 매각하여 원고에게 대여금을 일부 상환한 점에 비추어 등을 종합하면, 원고가 럭스개발과 실제로 이 사건 각 공사계약서와 같은 내용의 공사계약을 체결하였다고 보기 어려워 원고 제출의 위 각 증거들은 이를 그대로 믿기 어렵고 달리 위 각 대여금이 원고의 업무와 관련하여 지급된 것이라고 볼 만한 증거도 없다.

또한, 원고가 럭스개발과 이 사건 각 공사계약서를 작성한 것은 이 사건 대여금이 원고의 건설공사 업무와 관련 있는 것처럼 가장하기 위한 것으로 보여 이를 그대로 믿기 어려운 점은 앞서 본 바와 같고, 달리 원고가 이 사건 대여금을 상환기간 및 이자율을 정하여 대여하였다고 볼 만한 자료도 없는 점 및 앞서 든 여러 사실관계에 비추어 보면, 이 사건 대여금은 원고가 럭스개발에게 상환기간 및 이자율을 정하여 대여한 것이 아니라 사실상 무상으로 대여하였다고 봄이 상당하다.

따라서, 이 사건 대여금이 원고의 업무와 관계없이 사실상 무상으로 대여되었음을 전제로 하여 그 인정이자를 익금에 산입한 피고의 조치에 무슨 잘못이 있다고 할 수 없다.

2) 이 사건 과다계상 매출액 관련 부분

국세기본법은 2002. 12. 18. 법률 제6782호로 제22조의2를 신설하여 그 제1항에서 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다고 규정하고 있는바, 이는 당초에 확정된 세액을 증액하는 처분을 하더라도 불복기간의 경과 등으로 이미 확정된 세액 부분만큼은 다시 다투어 이를 취소시킬 수 없게 하려는 것으로 보이고(법문상으로 처분이라는 용어 대신 ‘세액’이라는 용어를 사용하고 있는 점에 비추어 보아도 그러하다), 종래 흡수설에 따라 증액경정처분이 있으면 당초의 신고나 결정이 이에 흡수되어서 그 독립된 존재가치를 잃게 됨으로써 당초의 신고나 결정에 존재하는 하자도 다툴 수 있게 된다고 하여 반드시 이미 확정된 세액 부분까지도 취소시킬 수 있다고 볼 것은 아니므로, 위 규정이 신설됨으로써 증액경정처분이 있으면 당초 신고나 결정에 존재하는 하자도 함께 주장할 수 있다고 하더라도 그 항고소송에서 취소할 수 있는 범위는 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분에 한정된다고 봄이 상당하다 할 것이다.

이러한 법리에 비추어 보면, 피고가 원고에 대하여 한 2000사업연도 법인세 부과처분 중 당초 2001. 3. 31. 신고납부한 8,270,322,914원의 세액 부분은 이미 확정되어 더 이상 다툴 수 없게 되었고, 증액 경정된 세액부분은 사후적으로 모두 감액 경정되어 남아 있지 않으므로, 결국 이 부분 과세처분에 대한 원고의 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.

3) 이 사건 경정거부처분의 위법성

가) 인정사실

① 증권선물위원회는 2006. 5. 16. 원고의 사업보고서 및 감사보고서에 대한 조사·감리 결과 조치통보를 하였는바, 위 통보에 의하면, 원고의 분식결산 내역은 아래 표와 같다.

② 위 표에 의하면, 원고의 분식(역분식) 전 과세표준은 아래표와 같다.

③ 한편, 원고는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 소정의 경정청구기간(법정신고기한경과 후 2년) 내에 과세표준 및 세액의 경정청구를 하지 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제13, 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나) 판단

후발적 사유에 의한 경정청구에 관하여 정한 구 국세기본법(2005. 1. 5. 법률 제7329호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항은 “과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고, 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다”고 규정하면서, 그 제4호에서 ‘결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때’를 들고 있는바, 이 사건의 경우 피고가 원고의 2002 ~ 2004 사업연도에 가공계상된 경비를 손금불산입하여 2002 ~ 2004사업연도의 과세표준 및 세액을 결정 내지 경정하였는데, 위와 같이 2002 ~ 2004 사업연도 가공계산된 경비를 손금불산입한 부분이 원고가 2000, 2001 사업연도의 가공매출액 부분과 직접적으로 대응되는 것인지 여부가 문제된다.

살피건대, 피고가 원고의 2002 ~ 2004사업연도의 법인세를 증액경정결정을 하면서 그 경정의 대상으로 삼는 것은 그 해당연도의 가공경비이지 그 가공경비를 계상하게 된 원인이 된 2000, 2001 사업연도의 가공매출액이 아닌 점, 원고가 2000, 2001사업연도에 과다계상하였다는 매출액과 2002 ~ 2004사업연도에 가공계상하였다는 비용은 상호간 서로 다른 회계항목에 속하고, 위 양자가 서로 직접 대응되는 관계에 있다고 보이지도 아니한 점 등을 종합하면, 가공매출액으로 인하여 2001사업연도의 과세표준 및 세액이 과다하다는 것이 이 사건 경정처분의 대상이 된 것이라거나 그와 직접적 대응관계에 있는 것이라고 볼 수 없으므로, 이와 같은 사유는 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 통상적인 경정청구사유가 될 수 있을지는 몰라도 원고 주장과 같은 후발적 경정사유는 될 수 없다고 할 것이다.

4) 이 사건 유동화전문회사의 배당금 관련 부분

앞서 든 증거들 및 갑 제6호증의 기재에 의하면, 원고는 2001. 7. 19. 이 사건 유동화전문회사를 설립하고 2002년부터 2004년까지 원고의 거래처에 대한 매출채권을 유동화자산으로 양도한 후 이를 근거로 유동화증권을 발행하였고, 이 사건 유동화전문회사는 매년 이익초과분에 대하여 배당가능이익의 90% 이상인 이 사건 배당금을 지급하기로 결의하였으나 원고는 이를 배당결의일에 수령하지 아니하고 미수배당금으로 계상하였다가 유동화증권의 상환이 완료된 후에 수령한 사실, 이 사건 유동화전문회사 정관 제33조(이익금의 계상 및 배당)에서는 ‘① 각 회계연도의 이익금은 회사의 이익잉여금으로 계상한다. ② 회사는 매 회계연도 말일에 제2종 출자지분을 보유한 사원에게 사원총회의 결의로 이익금의 배당을 실시할 수 있다. ③ 회사는 매 회계연도 4월 30일에 제2종 출자지분을 보유한 사원에게 이사의 권한으로 중간배당을 실시할 수 있다. ④ 이익의 배당 및 중간배당은 금전으로 한다. ⑤ 제2종 출자지분을 보유한 사원에 대한 이익 배당금은 회사가 발행하는 유동화증권의 상환이 완료된 이후에 지급한다’고 규정하고 있는 사실을 인정할 수 있다.

살피건대, 법인세법(2004. 12. 31. 법률 제7317호로 개정되기 전의 것) 제51조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제) 제1항 제1호에서 자산유동화에관한법률에 의한 유동화전문회사가 대통령령이 정하는 배당가능이익의 100분의 90이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 공제한다는 일반법인과 달리 취급하기 위한 특례를 두고 있고, 위 규정의 취지는 자산유동화전문회사를 도관(도관, conduit)회사로 보아 유동화전문회사 단계에서는 일정한 요건을 충족하면 과세하지 아니하고 주주에게 배당시 과세하기 위한 것으로서, 실제배당목적이 아닌 소득공제목적으로 배당결의를 하는 것인 점, 이 사건 유동화전문회사는 정관에 의해 배당금의 지급순위가 정해져 있으므로, 이 사건 유동화전문회사가 독자적으로 자금운용을 할 수 없고, 정관상 지급순서에 따라 이 사건 배당금을 지급하였으므로 배당금을 지연회수하였다고 볼 수 없는 점 등을 종합하면, 원고가 배당기일에 이 사건 배당금을 지급받지 않았다고 하여 이를 원고가 유동화전문회사에 업무무관 가지급금으로 지급한 것으로 볼 수는 없으므로, 이에 부당행위계산부인규정을 적용하여 법인세를 부과한 것은 위법하다고 할 것이다.

5) 정당한 세액

2002, 2003, 2004사업연도 법인세 부과처분 중 피고가 이 사건 배당금을 업무무관 가지급금으로 보아 부과한 부분을 제외하고 원고가 납부하여야 할 정당한 세액을 산정하면, ① 2002사업연도 법인세는 10,490,710,362원, ② 2003사업연도 법인세는 8,202,808,553원, ③ 2004사업연도 법인세는 21,271,337,295원이 되므로(별지 사업연도별 법인세액 요약 등 참조), 2002, 2003, 2004사업연도 법인세 부과처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다.

3. 예비적 청구에 대한 판단

원고는, 피고가 원고의 2002 ~ 2004 사업연도에 가공계상된 경비를 손금불산입하여 2002 ~ 2004사업연도의 과세표준 및 세액을 결정 내지 경정하였는데, 위와 같이 2002 ~ 2004 사업연도 가공계산된 경비를 손금불산입한 부분은 원고가 2000, 2002 사업연도의 가공매출액 부분과 직접적이고 유기적으로 대응되는 것이어서 익금불산입되어야 할 것인바, 이는 국세기본법 제45조의2 제1항 제4호에서 규정한 ‘결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때’에 해당한다 할 것이므로 후발적 경정청구가 허용되어야 함에도 이를 거부한 피고의 이 사건 경정거부처분은 위법하다고 주장하므로 살피건대, 위 제2. 다.항의 3)의 나)항에서 살펴 본 바와 같은 이유로 2000, 2002사업연도 법인세 경정청구에 대한 경정거부처분도 위법하다고 할 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 주위적 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 주위적 청구와 예비적 청구는 모두 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]